البابا كيرلس السادس تميز عهد قداسته بانتعاش الإيمان ونمو القيم الروحية بالكنيسة، حيث وضع في قلبه أن يقدس ذاته من أجل رعية المسيح، وكان مثال الراعى الصالح للتعليم ليس بالكلام ولا باللسان ولكن بالعمل والحق والقدوة الصالحة للشعب المسيحي.
دفن البابا كيرلس المرة الاولي
حكى الراهب رافائيل أفا مينا وهو الشماس الخاص بالبابا كيرلس، قصة وصول الجثمان إلى مكانه الحالي في الدير بالإسكندرية، ففى 9 مارس عام 1971م، أعلنت الكنيسة القبطية الأرثوذكسية نياحة البابا كيرلس السادس، فى الكاتدرائية المرقسية في العباسية، وتم تجهيز الجسد ووضعه على الكرسي المرقسي لفترة يومين حتى يتمكن الشعب من إلقاء نظرة الوداع الأخيرة، ودفن في مدافن البطاركة بالكاتدرائية.
وصية رجل الصلاة قبل نياحته
ارتبط قداسته بمارمينا العجائبى، وبنى كنيسة مارمينا بزهراء فب مصر القديمة، والتي أصبحت فيما بعد مقر الدير بالقاهرة، بالإضافة إلى تعميره للدير.
كتب قداسته في وصيته: (أنا الموقع أدناه وإمضائى وختمي وخطي المدعو بنعمة الله كيرلس السادس، أوصي بما هو آت، يأن مساحة الـ50 فدان في صحراء مريوط ، وما عليها من مباني ملك لدير مارمينا العجائبي، وقطعة الأرض الكائنة في تفتيش السيوف، و قطعة الأرض الكائنة في كينج مريوط، والعقار الكائن بمحرم بك محافظة الإسكندرية، جميع هذة العقارات والأرض والكنيسة في مصر القديمة، ملك لدير مارمينا بصحراء مريوط).
وأكمل: ( ويدفن جسدي في المدفن الذي تحت الكنيسة بالدير، وبالملابس التى تكون على جسدي ولا لزوم لتغيرها وكل من أتطلع على هذة الوصية، و عثر عليها فلا يخفيها و لا يخالف ما بها، ومن يخالفها يكون محروم من فم الثالوث الأقدس، الأب والابن والروح القدس ومن فم حقارتي و يكون على شمال المسيح وعلى أبن الطاعة تحل عليه البركة).
دفن البابا كيرلس المرة الثانية
عقب تجليس البابا شنودة الثالث على الكرسي المرقسي، التقى بالراهب مينا أفا مينا والذى كان يحمل الوصية، و عرضها على الملأ، كما أستعان بمجموعة من الأطباء لنقل الجثمان، من مدافن البطاركة بالكاتدرائية بالعباسية إلى دير مارمينا، ولكن جاءت التوصية بالأنتظار على الأقل سنه حتى لا يتأثر الجسد في النقل، وبالفعل بقى الجثمان بمكانه لمدة 20 شهر.
و فى 22 نوفمبر 1972م تم أستخراج الجثمان، وقد وجد الدكتور يوسف منصور و الدكتور يوسف يواقيم أن الصندوق تهالك بسبب الرطوبة، فقاموا بفتح الصندوق للتأكد من حالة الجثمان ليجدوا أن الجسد لم يتحلل، فقاموا بوضعه بصندوق جديد، وذهب إلى دير مارمينا ليكون البابا شنودة بأنتظاره، ليدفن في الدير يوم 24 نوفمبر من نفس السنه.
